Klub został założony w 1900 przez jedenastu piłkarzy pod przewodnictwem Franza Johna. Pomimo iż Bayern zdobył swoje pierwsze Mistrzostwo w 1932 roku, klub nie został wybrany do powstałej w 1963 r. nowej Bundesligi. Czasy największych sukcesów przypadły na połowę lat 70., gdy zespół z Franzem Beckenbauerem jako kapitanem trzy razy z rzędu wygrywał Puchar Europy (1974–76).
